La única experiencia de Flores como entrenador fue en Vélez durante el 2014. En su debut absoluto como DT consiguió la Supercopa Argentina tras imponerse ante Arsenal. A pesar de que contaba con el apoyo del hincha velezano, la dirigencia decidió no renovar su contrato a finales del año pasado. En cuanto a los números, Flores dirigió un total de 48 partidos con 22 PG, 8 PE y 18 PP.
